阿昔洛韦通过抑制病毒DNA合成，起到抗病毒活性的作用。同时对抗疱疹病毒,以及乳头瘤病毒也有较好的抑制作用。
干扰素a-2b本身可以抗病毒，还可以抑制细胞增殖，调节免疫，也是扁平疣常见用药之一。
首先可以口服维a酸制剂，具有抗分化、抗增生、免疫调节及抗炎作用，包括后期的抗色素沉着，是常见的扁平疣的治疗药物。注意，有备孕意愿的患者及伴侣慎用。
同时搭配咪喹莫特，可以通过诱导细胞因子，阻止病毒复制，缓解症状加重。
阿达帕林凝胶属于外用维a酸制剂，通过促进上皮分化、抑制和溶解角化，促进抗病毒药通过疣体的角质层，使扁平疣受到双重的干扰和破坏，同类药物还有他扎罗汀凝胶。
搭配口服的左旋咪唑，属于免疫调节治疗药物，增强免疫。
使用维a酸后，皮肤会较为干燥，所以联合用药维e，局部外涂，保湿滋润皮肤。
使用乌洛托品可以抑制和对抗病毒，减缓症状。
酞丁安擦剂或者软膏属于抗病毒药物，对扁平疣有一定治疗作用，注意过敏者慎用，儿童孕妇禁用，如果有烧灼感、红肿等情况应停药并清洗患处。
维a增强免疫力，提高身体防御机制。
日常生活要注意防止传染，远离传染源；避免挠抓摩擦刺激和日晒，保护皮肤；饮食清淡，作息规律，并且要保持心情愉快，避免给自己太大心理压力。当然对于药物治疗效果欠佳，或病程时间长、分布面积大、疣体颜色较深的情况，可以采用物理治疗如冷冻、注射及激光治疗，针对扁平疣引起的面部影响及早就医。
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